A partir de là, leur haine pour les Lacédémoniens ne se ralentit dans aucun temps, et ils en donnèrent surtout des preuves dans la guerre du Péloponnèse. Naupacte devint une place d'armes contre le Péloponnèse, et les Spartiates enfermés dans l'île de Sphactérie, furent tués par des frondeurs Messéniens de Naupacte, au service des Athéniens. Mais les Lacédémoniens, devenus maîtres de la mer après la défaite des Athéniens à Aegos Potamos, chassèrent de Naupacte les Messéniens. Les uns allèrent dans la Sicile auprès de leurs concitoyens, et de là passèrent à Rhégion. Le plus grand nombre se rendit dans la Libye, chez les Evesperites qui, ayant beaucoup souffert par la guerre contre les barbares de leur voisinage, invitaient tous les Grecs, de quelque pays qu'ils fussent, à venir s'établir parmi eux. Les Messéniens y allèrent pour la plupart, sous la conduite de Comon qui les avait commandés à Sphactérie.
     Les dieux pronostiquèrent aux Messéniens leur retour dans le Péloponnèse, un an avant la victoire des Thébains à Leuctres. D'une part, dit-on, le prêtre d'Héraclès à Messène, vers le détroit, vit en songe Zeus qui invitait Héraclès Manticlos à venir chez lui à Ithome ; d'un autre côté, chez les Evesperites, Comon dont la mère était morte, rêva qu'ayant eu commerce avec elle, il la rappelait à la vie. Il crut que cette vision annonçait seulement que les Athéniens, alors très puissants sur mer, rameneraient les Messéniens à Naupacte ; mais le songe lui présageait clairement le rétablissement de Messène. Le malheur réservé aux Lacédémoniens ne tarda pas à les frapper, et Leuctres en fut le théâtre.
     En effet, l'oracle rendu à Aristodème, roi des Messéniens, finissait ainsi : « fais ce que le destin ordonne ; la vengeance divine frappe d'abord les uns, puis les autres. » C'était dire que les Messéniens devaient d'abord être malheureux, mais qu'ensuite la vengeance divine poursuivrait les Spartiates. Les Thébains, après la victoire de Leuctres, envoyèrent en Italie, en Sicile, chez les Evesperites et dans les autres lieux qui pouvaient servir d'asile à des Messéniens, pour les inviter à revenir dans le Péloponnèse. L'amour de la patrie et leur haine pour les Lacédémoniens, les rassemblèrent bien plus promptement qu'on ne s'y serait attendu. Epaminondas ne croyait nullement facile de fonder une ville en état de tenir tête aux Lacédémoniens, et il ne voyait pas trop dans quel endroit du pays la placer, car les Messéniens ne voulaient s'établir ni à Andanie ni à Oechalie, à cause des malheurs qu'ils avaient éprouvés dans ces deux villes. Il ne savait quel parti prendre, lorsqu'il vit, dit-on, en songe, un vieillard ressemblant tout à fait à un Hiérophante, qui lui dit : « Thébain, la victoire qui suit les armes partout, est un de mes dons ; lorsque tu ne seras plus du nombre des vivants, je rendrai ton nom et ta gloire immortels. Rétablis donc les Messéniens dans leur patrie et dans leurs villes, car la colère des Dioscures contre eux est apaisée. »
     Le même vieillard apparut aussi à Epitélès, fils d'Aeschine que les Argiens avaient nommé général et avaient chargé de présider au rétablissement de Messène, et lui ordonna en songe de se transporter sur le mont Ithome, à l'endroit où il trouverait un if et un myrte, de faire fouiller la terre entre ces deux arbres, et de délivrer une vieille qui, renfermée dans une chambre d'airain, qui souffrait extrêmement, et allait rendre l'âme. Epitélès, dès qu'il fait jour, arrive au lieu indiqué ; des fouilles qu'il commande lui découvrent une urne d'airain que par son ordre on porte sur-le-champ à Epaminondas, auquel il va lui-même raconter son songe, le priant d'ôter le couvercle à l'urne pour voir ce qu'elle renfermait. Epaminondas ayant offert un sacrifice, et adressé des prières à celui qui avait apparu en songe, ouvrit l'urne où il trouva des feuilles d'étain très minces, roulées comme un livre, et sur lesquelles étaient écrits les mystères des grandes déesses. Le vase était le dépôt d'Aristomènes, et le vieillard qui apparut en songe à Epitélès et à Epaminondas, passe pour Caucon jadis venu d'Athènes à Andanie, vers Messène, fille de Triopas.